2003년 10월 15일 제주4.3사건위원회(위원장 총리 고건)가 확정한 『제주 4.3사건 진상조사보고서』는 유혈사태를 초래한 초토화작전 및 집단 인명피해(집단학살)의 최종 책임은 당시 군통수권자인 대통령 이승만에게 있다고 지적했으며, 10월 31일 대통령 노무현은 사건 발생 55년 만에 당시 국가권력의 잘못에 대해 대국민 사과를 하였다.
2006년 4월 3일, 58돌을 맞은 제주 4.3사건 희생자 위령제에 국가 원수로서는 처음으로 참석한 대통령 노무현은 추도사를 통해 "무력충돌과 진압과정에서 국가권력이 불법하게 행사됐던 잘못에 대해 제주도민 여러분께 다시 한번 사과드린다"며, "오랜 세월 말로 다할 수 없는 억울함을 가슴에 감추고 고통을 견뎌온 유가족들께 진심으로 위로말씀을 드린다"고 말했다. 제주 4.3사건 희생자유족회 회장 김두연은 "제주 4.3사건이 일어난 지 58년 만에 대통령이 직접 위령제 행사에 참석해 도민들에게 사과하는 것을 보면서 눈물이 났습니다"라면서, "유족들의 한이 풀렸다"며 감격했다.
-강준만
